Een kwarktaart kun je heel goed invriezen. Verpak de kwarktaart luchtdicht in een plastic zak en vries de kwarktaart in zonder garnering. In de vriezer blijft de kwarktaart ongeveer drie maanden goed. Een kwarktaart moet ontdooien in de koelkast, dit duurt tussen de 12 en 24 uur.